學會下設辦公室、11個工作委員會和2個專業委員會。

11個工作委員會：組織、學術、出版倫理與道德、教育、國際交流與合作、青年、地方、政策咨詢與發展、網絡化、科普、規范與標準

2個專業委員會：醫學期刊、建設類期刊

各組織機構負責人名單
組織工作委員會主任：李宏偉
學術工作委員會主任：蔡斐
出版倫理與道德工作委員會主任：張曉雪
教育工作委員會主任：姚希彤
國際交流與合作工作委員會主任：程磊
青年工作委員會主任：魏星
地方工作委員會主任：黃崇亞
政策咨詢與發展工作委員會主任：魏秀菊
網絡化工作委員會主任：曾建勛
科普工作委員會主任：李鑒
規范與標準委員會主任：張品純
醫學期刊專業委員會主任：劉冰
建設類期刊專業委員會主任：魏星
《編輯學報》主編：任勝利